Sanjakubojutsu bevat alle technieken met de korte stok (ongeveer een meter). Het is het tweede wapen waar men in gevormd wordt. Technieken met de korte stok zijn complexer dan lange stok, gezien men vaak ongewapende technieken combineert met het gebruik van het wapen. Zo zal men leren nagewaza en gyakuwaza uit te voeren specifiek voor sanjakubo.